T15 CCM - Turma 15 do Curso de Ciências Moleculares

Tarefas para o fim de semana

Então, eu sei que temos provas na segunda-feira (física, com consulta, Forças de inércia, e caps 3 e 4) e na quarta-feira (Mané), e tem o EP do Alair, mas não se esqueçam do artigo do Emer...

E em breve o Emer mandará os papers para os seminários. Precisamos dividir a turma e os dias. Ele mandará pelo menos 6 papers e eu sugiro que façamos em duplas ou trios. Se alguém não for participar por favor avise.

Placa de vídeo

Alguém estaria interessado em comprar uma placa de vídeo nVIDIA FX5200 128MB DDR PCI ???

Exercícios de Física

Alguém poderia postar por favor os números dos exercícios que tem de ser entregues amanhã?

Artigo Emer 3: Endereçamento de Proteínas

O terceiro (e último espero eu) artigo será sobre endereçamento de proteínas (protein targeting e protein sorting).

Os tópicos são:
1) Nobel 1970: George Paladi - aspectos históricos
2) Nobel 99: Globel ("Proteínas têm sinais intrínsecos que ..."), endereçamento para a via secretória, peptídeo sinal, SRP, poro de translocação no RER, secreção.
3) Endereçamento para o núcleo e tráfego
4) Endereçamento para mitocôndria e peroxissomos
5) Protein Sorting, a fase final do endereçamento (a segregação depois de atingir a localização sinalizada)

Por favor tentem fazer com antecedência, usar fontes confiáveis (que tenham referências), e citá-las no final! Recomendo a todos que comecem procurando por reviews recentes, para poupar tempo.

Anúncios AdSense

Para os céticos que duvidavam, os anúncios atingiram US$10,42 desde o dia 22 de novembro (em 4 meses e 6 dias) sendo que fevereiro rendeu US$5,06, e março rendeu US$3,82. Se tudo continuar como está, conseguiremos o dinheiro entre um ano e meio e dois anos... ou seja, no começo do avançado...

Artigo: Transporte de Vesículas

Acabei de mandar para Emer o artigo reunido. Ele está disponível em pdf:

http://www.cecm.usp.br/~rend/Transporte%20de%20vesiculas.pdf

Números Primos, Prêmio Abel e Base Lunar

Números Primos, Mecânica Quântica e o número 42 (e a resposta para a vida, para o universo e tudo mais)
Estranhamente o comportamento dos níveis de energia de núcleos pesados como o do érbio parece ter correlações obscuras com a função zeta de Riemann, e por conseqüência com a distribuição dos números primos!

Prêmio Abel: Lennart Carleson
O prêmio Abel deste ano foi pra Lennart Carleson, sueco, e olha só, ele mexia com análise harmônica e demonstrou a conjectura (de pelo menos 46 anos) de que toda função contínua tem uma série de Fourier que converge para ela (série de senos e cossenos, como Taylor para polinômios) exceto possivelmente num conjunto de pontos de medida zero do domínio.

Base lunar
Aparentemente o sucesso do programa espacial chinês e seus planos para visitar a lua estão fazendo com que o governo Bush redirecione o capital da NASA para exploração espacial, em particular planejando uma base lunar. Só que no momento ninguém ainda sabe como fazer uma, quais são os perigos potenciais para a saúde dos astronautas, e o que fazer se algo der errado. Sem falar das inúmeras tecnologias ainda inexistentes necessárias para a construção e manutenção da uma base lunar por meses.

dineinas

bom num tem mto oq escrever sobre dineinas mas aih vai...
ah..eu supus q o pizza jah dissesse as caracteristicas comuns mais gerais das prot motoras...

aí, leo

Cinesinas



As cinesinas são motores protéicos que têm a capacidade de se locomover usando microtúbulos como trilhos. Elas foram identificadas pela primeira vez nos axônios gigantes de lulas, transportando organelas membranosas. As proteínas dessa superfamília têm como único elemento unificador o domínio motor, que tem a capacidade de atrelar a hidrólise de ATP a modificações espaciais em sua estrutura.
Normalmente essas proteínas são compostas por duas cadeias pesadas, portadoras, cada uma, de uma cabeça na qual se localiza o motor, e duas cadeias leves por motor. Nas cadeias pesadas, o motor está conectado através de uma seqüência de aminoácidos a uma alfa hélice que forma uma super hélice com a outra cadeia pesada, sendo, portanto, estas hélices responsáveis pela dimerização da cinesina. Na outra extremidade da hélice, ligam-se as cadeias leves da cinesina, responsáveis por auxiliar o processo de encaixe das estruturas que serão carregadas pelos microtúbulos.
Na grande maioria das cinesinas, o motor está próximo do N terminal das cadeias pesadas: essas proteínas caminham em direção à extremidade de crescimento rápido dos microtúbulos. Uma família de cinesinas, no entanto, tem o motor localizado próximo ao C terminal e anda na direção oposta.
Dentre as possíveis cargas das cinesinas estão mitocôndrias, vesículas contendo neurotransmissores e até outros microtúbulos. Há até cinesinas que têm o poder de se auto associar formando motores bipolares que deslizam microtúbulos em direções opostas. Além do funcionamento como carregadoras, as cinesinas também têm um importante papel na formação dos fusos meióticos e mitóticos.
Embora sua importância seja mais óbvia em neurônios, células nas quais as cargas devem percorrer longas distâncias, o transporte polarizado também é necessário em praticamente qualquer outra célula eucarionte, sendo o responsável pela estruturação e alocação de organelas membranosas como o complexo de golgi e o retículo endoplasmático rugoso. Grande parte do transporte direcionado a regiões distantes do núcleo é realizado pelas cinesinas.
É importante notar que as cinesinas só agem como ATPases quando ligadas ao microtúbulo, estando a atividade catalítica atrelada a um ciclo mecânico processivo. Foi determinado que a hidrólise de uma molécula de ATP acarreta num passo de 8nm da cinesina.
O ciclo mecânico inicia-se com a entrada de um ATP no sítio de ligação de nucleotídeos, que mobiliza uma pequena alça alguns décimos de angstrom. Essa mudança conformacional é amplificada e transmitida pela região de interface entre as cadeias pesadas (a super hélice), lançando o outro motor para frente, onde ele se liga ao microtúbulo. Ocorre então a hidrólise do ATP seguida da liberação de um fosfato e novas transformações espaciais que levam ao desacoplamento da cabeça de trás do microtúbulo. Retorna-se então ao estado inicial, com troca de posição das cabeças.
A super hélice funciona tanto como coordenadora dos ciclos mecanoquímicos quanto como determinante da direção do movimento: as cinesinas com motores perto do N terminal se movem numa direção e os com motores perto do C terminal noutra, mesmo sendo os motores praticamente iguais. Isso se dá pois as super hélices estão torcidas em sentido contrário, e exercem forças em direções opostas.
Comparadas às miosinas, as cinesinas caminham longas distâncias sem que se dissociem do trilho de tubulinas, o que equivale a centenas de ciclos de ATPase seguidos (durante cada ciclo, cada motor passa aproximadamente 50% do tempo associado ao microtúbulo). A função biológica disso é clara: um pequeno número de cinesinas deve ser capaz de transportar uma organela por todo um axônio, as miosinas, por sua vez, quase sempre atuam em grupos muito maiores de moléculas, de modo que se elas se mantivessem atreladas após sua contribuição ao movimento, atrapalhariam o impulso das outras unidades (de fato, as miosinas passam, em média, apenas 5% do tempo associadas ao filamento de actina).
O alto grau de processividade da cinesina se deve à coordenação das duas unidades do dímero: uma cabeça só se solta quando a outra já se uniu ao trilho. Tal coordenação não é vista na miosina II. Embora isso faça com que a miosina solte-se muito mais facilmente de seu trilho, isso também permite que ela deslize filamentos com velocidade muito maior, quando em grandes grupos, enquanto a ação da cinesina tende a até decrescer a partir de um número de moléculas carregando a mesma estrutura.
Assim, enquanto as cinesinas atingem velocidades que variam entre 0,2 μm/s e 3 μm/s, um grupo de miosinas alcança velocidades de até 60 μm/s.. A variação das velocidades atingidas pelas cinesinas pode ser explicada por diferentes ritmos intrínsecos de hidrólise de ATP pelo motor, assim como por diferentes ângulos de torção da super hélice no processo de amplificação da transformação estérica.

A determinação do mecanismo de locomoção das cinesinas

O comportamento enzimático das cinesinas pode ser satisfatoriamente descrito através da equação de Michaelis-Menten, e a velocidade da reação pode ser verificada diretamente através da velocidade dos microtúbulos deslizantes, visto que o tamanho da passada é conhecido assim como se sabe que cada ciclo de hidrólise corresponde a um passo.
A partir dessas informações, foi possível propor vários mecanismos para o andar da cinesina, como o já apresentado modelo mão sobre mão, no qual as cabeças alternam a liderança, e o mede palmos, no qual uma cabeça lidera o movimento, ocorrendo apenas nela a hidrólise de ATP. No entanto, dados a respeito da inibição da reação por ADP e Pi, indicam que provavelmente a primeira hipótese é a correta, com liberação de ADP antes de Pi, uma vez ligado o ATP.
Foi verificado que o fosfato é um inibidor competitivo da reação, visto que afetou o KM da enzima, o ADP, por sua vez, revelou-se um inibidor misto, afetando tanto o KM quanto a velocidade máxima da reação. Assim supõe se que o fosfato e o ATP ligam-se exclusivamente ao mesmo estado da molécula, e o ADP liga-se a outro estado também. Essas suposições são inconsistentes com o modelo mede palmos.
Analisando o modelo mão sobre mão, e as propriedades cinéticas do ciclo, percebe-se ser de difícil determinação a reação que limita a velocidade deste, já que dois processos ocorrem quase simultaneamente, sendo que um deles é o determinante da velocidade do ciclo. Tratam-se da liberação do Pi da cabeça de trás e o desligamento desta do microtúbulo. A captura de ATP pela cabeça da frente ocorre apenas depois desses dois processos, de modo a manter a coordenação entre as unidades do dímero. Possivelmente uma transformação conformacional ocorrida após o último desses dois processos permite a ancoragem do ATP, mas a determinação de qual deles produz esse sinal depende da determinação de qual das reações é mais rápida.
A descoberta de uma cinesina mutante que têm uma afinidade muito maior pelo microtúbulo, e que dele não desliga, permitiu que se determinasse qual das duas reações antecederia a outra, sendo a limitante da velocidade. Já que a cabeça de trás não se desligaria do microtúbulo, se não houvesse liberação de Pi, isso significaria que essa reação depende do desligamento, sendo esta a etapa limitante, no entanto foi detectada liberação de Pi, com velocidade semelhante à do passo de desacoplamento do microtúbulo e liberação de Pi como um todo, donde se conclui que a reação lenta é a saída do Pi.
Assim pode-se inferir que a reação que provoca a mudança de conformação que permite à cabeça da frente ligar-se ao ATP é o desligamento da cabeça de trás.

Regulação da ação das cinesinas

O transporte realizado pelas cinesinas não é aleatório, elas são capazes de fazer entregas a diferentes subcompartimentos de células, por exemplo, nos neurônios canais de sódio são entregues aos nódulos de Ranvier e vesículas sinápticas são endereçadas aos terminais pré-sinápticos. Embora diferentes proteínas façam diferentes entregas, acredita-se que a fosforilação de cinesinas pode ter efeito regulatório.
As cadeias leves são importantes para atracar as organelas carregadas, e elas se encontram fosforiladas dentro das células, esses pontos fosforilados foram identificados como possíveis sítios de fosforilação pela GSK3, uma kinase de alta expressão, encontrada em neurônios.
Em axoplasma isolado, a GSK3 inibiu o transporte anterogrado, mas não o retrogrado, de carga. Já se sabe que chaperonas têm a capacidade de liberar a cinesina de sua carga, mas as altas concentrações dessas proteínas por todo o neurônio não explicam o controle local da descarga das cinesinas.
Propôs-se que a fosforilação das cadeias leves pudesse suscetibilizar a cinesina ao ataque da chaperona. Assim, se a distribuição de GSK3 coincidisse com as trilhas das cinesinas, poder-se-ia supor que a fosforilação regulada por receptores de membrana (o que de fato ocorre com a GSK3) fosse a responsável pela liberação da carga das cinesinas.

Escolha do bicho!

OW... já demos o primeiro passo pra criação de uma atlética que nos dê orgulho! Já temos um cone laranja fosforecente gingante! Agora para o segundo passo temos que ter alguam placa legal [tipo "Polícia Rodoviária Federal a 100m"] e faremos a escolha do nosso mascote. Fazendo um rápido Brainstorm ficamos com: Carangueijo, Coruja, Hipopótamo, Lêmure/Suricate e Bicho-preguiça. Vota num desses 4 e se quiser pode sugerir outro....
Abraços!

Clatrina

A minha parte sobre clatrina estah como comentahrio deste post p/ q a home naum fiq poluihda (ouviu, Saulo!).

Email da T15

por favor cheque seu email da T15 (agora!!!!!!)

Matéria escura, energia escura e buracos negros

Pela primeira vez li algo que me fez levar a sério matéria escura... e me pareceu ser algo brihante e revolucionário, resta saber se será verificado...

Three cosmic enigmas, one audacious answer

Não vou postar um sumário pra não estragar a surpresa, acho que todos deveriam ler.

Se alguém tiver problemas sérios com inglês e digo sérios mesmo, pode ler uma versão traduzida pelo BabelFish (se vc ler vc vai entender porque disse isso).

Acessando periohdicos

Serah q alguehm poderia me ensinar a acessar os periohdicos de ksa? O Ronaldo e o Boo me explicaram, mas acho q to fazendo alguma coisa errada (tlvz seja na hora de configurar o Firefox, jah q no putty naum obtive problema algum). Vou fazer 1 breve descricaum do q eu fiz p/ q alguma alma kridosa possa apontar o q hah de errado:

1) Abri o putty fui ateh a opcaum Tunnels e em Source port coloquei um numero arbitrahrio (12345) e assinalei Dynamic e cliqi em Add;

2) Fui ateh Session, completei Host Name (or IP address) com o endereço do apostol e deixei Port como 22 (c eu coloco 12345 naum acessa);

3) Mando conectar, efetuo o login e blz;

4) Jah no Firefox, vou ateh as opçoens de configuraçoens de conexaum. Seleciono entaum Configuraçaum manual de proxy e em Porta coloco 12345, mas naum sei o q colocar em HTTP (jah tentei o endereço do Apostol, o do localhost - 127.0.0.1 - e o do roteador e nada).

p.f. me ajudem pq eu to precisando p/ terminar o artigo do Emer (alehm de ser uhtil p/ os outros tb).

Exercicios de Fisica

Serah q alguem podia por favor postar os enunciados dos problemas de fisica do Moyses 2 q a alinka pediu para fazer? Pq eu acabei deixando o meu Moyses no CM... E enfrentar 2 hrs de viagem pra ir e + 2 pra voltar sh pra pega o livro eh bem embaçado! Então alguma alma solidária por favor posta aih!

Artigo Proteólise

Eu juntei os artigos da Wikipédia e montei o texto, eu fiz meio rapidamente e não tive tempo de ficar revisando, de modo que algumas partes podem ter ficados meio estranhas... se alguem quiser mudar alguma coisa posso alterar e mandar de novo.

Versão em pdf:
http://www.cecm.usp.br/~rend/Proteolise.pdf

Versão editável:
http://www.cecm.usp.br/~rend/Proteolise.doc

Minha parte do artigo sobre SNAREs e Rabs

Ae Leo mal por tar "poluindo o blog" mas eu naum to com mto saco pra publicar no Wikipedia...e jah saum 11 e 30 e amanha acordo as 5!

Snares e Rabs


Apesar da variedade de proteínas envoltórias (coat proteins) que estão associadas ao processo de formação e transporte vesicular intracelular, a fusão de todas as vesículas com suas respectivas membranas-alvo possuem muitas características em comum. Em todos os casos, para garantir que o tráfego para as membranas seja efetuado de maneira correta, as vesículas necessitam de uma alta seletividade para garantir sua fusão à membrana-alvo específica. Essa fusão ocorre após a despolimerização das proteínas envoltórias e aparenta envolver um conjunto fixo de proteínas que controlam a sinalização dessas vesículas, assegurando que o alvo certo seja alcançado e ativando o próprio processo de fusão.
A especificidade na sinalização para o tráfego de vesículas ocorre devido a proteínas sinalizadoras que se localizam na superfície da membrana e que identificam sua origem e seu conteúdo. Aliadas a essas enzimas sinalizadoras (ou marcadoras) estão proteínas receptoras incorporadas nas membranas-alvo e que garantem que a vesícula se funda ao alvo correto. Este passo crucial de reconhecimento envolve basicamente duas classes de proteínas: SNAREs e GTPases sinalizadoras denominadas Rabs. As proteínas SNAREs desempenham um papel central na geração da especificidade do tráfego vesicular e na catálise do processo de fusão. As proteínas Rabs trabalham junto com outras proteínas para controlar o docking das vesículas na membrana, ou seja, assegurar que a membrana se aloque no sítio ativo correto através do qual será incorporada. Muitas vesículas transportadoras só se formam se um tipo específico de proteína Rab e SNARE estiverem acopladas a sua membrana, permitindo assim que a vesícula se funda corretamente.
Existem pelo menos 20 tipos diferentes de SNAREs em células animais, cada uma delas associada a um tipo específico de membrana ou organela envolvidas nas vias secretória, biossintética ou endocítica.A despolimerização das proteínas envoltórias (coat proteins) das vesículas permite que uma proteína denominada v-SNARE (vesicle SNARE), antes coberta pela proteína envoltória, agora seja descoberta, podendo então executar seu papel e se associar à membrana-alvo correspondente. Esta proteína é incorporada à vesícula na própria organela de origem, que ao desprender um pedaço de sua membrana na formação vesicular libera associada ao fragmento a proteína devidamente encaixada na bicamada lipídica. A membrana de cada organela ou membrana-alvo possui uma ou mais proteínas integrais de membrana, denomindas t-SNAREs(target SNARE) , junto com uma proteína de fusão denominada SNAP25. Essas proteínas agem de forma conjunta, efetuando uma ligação específica à v-SNARE correspondente. Tanto as v-SNAREs quanto as t-SNAREs possuem um formato helicoidal. Quando uma v-SNARE interage com uma t-SNARE, seu domínio helicoidal se enrola ao redor do outro domínio helicoidal formando um complexo estável denominado trans-SNARE que prende uma membrana a outra. A especificidade com que cada SNARE interage determina a especificidade do docking e da fusão de cada vesícula. Dessa maneira, as SNAREs especificam a identidade de seus compartimentos e governam a troca de materiais durante o transporte vesicular.
A maioria das SNAREs nas células já participaram de vários processos de sinalização celular, e muitas vezes estão presentes nas células como complexos estáveis trans-SNARE ligadas a uma ou duas outras SNAREs. Estes complexos precisam ser dissociados para que as SNAREs possam participar de outros processos de sinalização. Uma proteína crucial chamada de NSF circula entre as membranas e o citosol e catalisa as reações de dissociação do complexo estável. Essa enzima é uma ATPase que lembra estruturalmente uma classe menor das chaperonas citosólicas que usam ATP para solubilizar e refazer a conformação de proteínas desnaturadas. Similarmente, a NSF usa ATP para desenrolar as hélices enroladas (coiled-coil) entre os domínios helicoidais das SNAREs associadas, usando alguns adaptadores protéicos para se ligarem as SNAREs e separá-las.
Os requerimentos para a dissociação do complexo estável trans-SNARE podem ajudar a explicar porque as vesículas não se fundem indiscriminadamente na célula. Se uma t-SNARE estiver sempre ativa na membrana-alvo, qualquer outra membrana que contivesse a v-SNARE correspondente se fundiria àquela membrana sempre que as duas fizessem contato. No entanto a necessidade de uma reativação controlada de SNAREs pela NSF permite que a célula controle quando e onde as membranas irão se fundir.
As proteínas Rabs constituem um papel importante na especificidade do transporte vesicular. Elas são GTPases monoméricas, das quais são conhecidas mais de 30 espécies, representando então a maior subfamília dessas GTPases. Assim como as SNAREs, cada proteína Rab possui uma distribuição característica nas membranas celulares e toda organela possui pelo menos um tipo de Rab na sua superfície citosólica.As proteínas Rabs são conhecidas por facilitar e regular a alocação (docking) nas vesículas e a combinação entre v-SNARE e t-SNARE, necessária para a fusão entre membranas.
Como todas as outras GTPases, as proteínas Rabs circulam entre a membrana e o citosol. Quando ligadas ao GDP elas se encontram em sua forma inativa no citosol e quando ligadas ao GTP se encontram em sua forma ativa acopladas à membrana. Como as proteínas Rabs se ligam e hidrolisam GTP se considera que o ciclo de hidrólise e ligação do GTP está diretamente ligado ao alocação (docking) vesicular. Especificamente, uma enzima chamada GDI catalisa a troca do GDP, ligado ao Rab citosólico, por GTP, causando uma mudança conformacional na Rab que permite que ela se ligue a uma proteína de membrana em uma vesícula de transporte. Após a fusão vesicular, o GTP ligado à Rab é então hidrolisado sofrendo novamente uma mudança conformacional e é liberado no citosol para que o ciclo se repita novamente. Portanto, a velocidade de fusão vesicular é controlada pela quantidade absoluta de Rab-GTP, que é regulada por proteínas não identificadas.
Uma vez em sua forma ligada ao GTP e ancorada em uma membrana lipídica, a proteína Rab se liga a outras proteínas denominas Efetivantes de Rabs (Rab Effectors) que facilitam o processo de alocação (docking). De certa maneira, pode-se dizer que a estrutura geral das Rabs contrasta com a dos efetivantes, uma vez que as Rabs possuem estruturas muito similares e os efetivantes possuem estruturas muito diferentes de uma Rab para outra. A fusão vesicular é então limitada à região aonde esse complexo reside, apesar do fato de que as t-SNAREs estão espalhadas uniformemente por toda a membrana. Alguns efetivantes de Rabs são proteínas longas e filamentosas que podem restringir os movimentos de vesículas entre cisternas adjacentes do AG (Aparelho de Golgi). Outros se ligam as proteínas Rabs na forma ligada ao GTP para prevenir a hidrólise precoce. Outros ainda são proteínas motoras que movem as vesículas através de filamentos de acquitina ou por microtúbulos até suas membranas-alvo.
Apesar das proteínas Rab e seus efetivantes utilizarem mecanismos largamente diferentes, elas possuem uma mesma função. Elas ajudam a concentrar vesículas próximas aos locais onde ocorrerá a fusão e ativam a liberação de proteínas de controle de SNAREs. Dessa maneira, as proteínas Rabs aceleram o processo de combinação de duas SNAREs de membranas diferentes.
Uma vez que sua vesícula transportadora reconheceu sua membrana-alvo e se alocou (docked) ali, ela libera seu conteúdo se fundindo à membrana. No entanto, nem sempre a fusão precede imediatamente após a alocação (docking), como na exocitose controlada, em que a fusão é atrasada e somente então é ativada por um sinal extracelular.
Portanto, os processos de alocação (docking) e de fusão, são dois processos totalmente distintos. A alocação requer apenas que duas membranas se aproximem o suficiente para que as proteínas protuberantes das bicamadas lipídicas interajam e se unam. A fusão requer uma aproximação muito maior, trazendo as bicamadas lipídicas a aproximadamente 1,5 nm de distância para que então elas possam se juntar. Quando as membranas estão a uma distância tão curta, lipídeos podem fluir de uma bicamada para a outra. Dessa maneira a água precisa ser removida da superfície hidrofílica da membrana, um processo que energeticamente é altamente não favorável. Todas as fusões entre membranas nas células aparentam ser catalisadas por enzimas especializadas em fusão que possibilitam meios de superar essas barreiras energéticas.
As SNAREs parecem desempenhar um papel de muita importância na fusão entre membranas. A formação do complexo trans-SNARE funciona como uma alavanca, usando a energia liberada quando as hélices se enrolam uma na outra para puxar as faces das membranas, enquanto simultaneamente espreme moléculas de água para fora da face hidrofílica. Após a fusão, a vesícula deposita seu conteúdo na organela-alvo e sua membrana funde-se a da organela. As SNAREs e as proteínas Rabs são então reaproveitadas (como descrito acima) e o ciclo recomeça.


Fontes :
-Molecular Biology of The Cell – Fourth Edition – Albert, Johnson, Lewis, Raff, Robert, Walter.
-Molecular Cell Biology – Fourth Edition – Lodish, Berk, Zipursky, S. Lawrence, Matsudaira, Baltimore and Darnell.

Proteólise (últimos capítulos)

Luíza, poste os tópicos que restam, e quem ficou encarregado do quê. E também do transporte de vesículas.

Eu fiz pequenas alterações no layout do blog, o link para postar foi aí pra cima, e nossos profiles desceram um pouco... se alguém não gostou eu mudo de volta, mas eu gostei.

Poxa, essa semana tá impossível, trabalho de química, artigo do Emer, prova do Alair, mais artigo do Emer, ainda bem que a Alinka viajou...

Para quem não sabe o que fazer e quais artigos da Wikipédia pode colaborar, são esses:

http://pt.wikipedia.org/wiki/Proteólise
http://pt.wikipedia.org/wiki/Protease
http://pt.wikipedia.org/wiki/Lisossoma
http://pt.wikipedia.org/wiki/Proteassoma
http://pt.wikipedia.org/wiki/Calpaínas
http://pt.wikipedia.org/wiki/Caspases
http://pt.wikipedia.org/wiki/Proteólise_limitada
http://pt.wikipedia.org/wiki/Proconvertase

As edições podem ser anônimas, mas recomendo que todos criem uma conta, isso ajuda a administrar os artigos...
Ah, e não fiquem enrolando para publicar, isso evita que duas pessoas façam a mesma coisa.
Ainda tem muita coisa pra ser feita, tem as coisas dos artigos do Emer e do Carlos para serem acrescentadas...
Ah, e não se esqueçam de colocar as referências!

Novamente, Artigo do Emer...

Ae pessoal... Naum sei como anda o primeiro artigo, mas qria lembrar q o artigo eh para amanhã ow para entregar via e-mail hj a noite. Portanto akeles q ainda não fizeram/terminaram suas devidas partes por favor tentem terminar e enviar para o Pizza o quanto antes possível. Agora vou colocar aki tb os assuntos do segundo artigo e os tópicos e os respectivos autores de cada um. O tema eh Trafego intracelular de vesículas e os tópicos são:

- Funcionamento da rede Trans-Golgi (sim repetiu d primeiro mas blz...) - Sem autor

- Microtubulos e Proteínas motoras(Dineina e Cinesina) - Pizza

-Clatrina, COP I, COP II (GTPases monoméricos) - Carlos

-Dinamina(proteína do "pescoço" no brotamento) - Sem autor

-Snares, Rabs - Saulo

-Protein Sorting - Fena

-Endocitose e exocitose => tráfego bidirecional - Sem autor

-Modificação pós traducional de Proteínas - Sem autor

-Editor-Chefe - Cargo vago...

Esses então são os tópicos abordados no imenso segundo artigo do Emer q eh para ser entregue dia 27/03 (DAQUI A 6 DIAS!!!!!!!). Eu jah vou estar fazendo a minha parte e aconselho q as pessoas q jah acabaram as suas partes no primeiro artigo jah comeem...ou então akeles q naum fizeram nd jah comecem a fazer pq como vcs podem ver não eh pouca coisa e soh temos 6 dias...

P.S. Quanto ao trabalho / apresentação do Mané eu vou começar a fazer tb... se alguem mais estiver interessado em fazer eh soh falar comigo... toda ajuda eh bem-vinda.

Prova do alair....

... é só na 5a mesmo?

eu o meu frankstein é esse...
eu iria melhora-lo mas minha Namorada manda nos meus Domingos, sinto muito

ProteasesProteases (proteinases, peptidases ou enzimas proteolíticas) são enzimas que quebram as ligações peptídicas entre os aminoácidos das proteínas. O processo é chamado de clivagem proteolítica, um mecanismo comum de ativação e inativação da enzima envolvida na coagulação do sangue e na digestão. Elas usam a molécula de água para isso e são classificadas de hidrolases.

ClassificaçãoExistem atualmente seis classes de proteases:

Serina proteases
Treonina proteasesCisteina proteasesÁcido Aspártico proteasesÁcido Glutânico proteases

A treonina e glutânico peptidases não foram descritas até 1995 e 2004 respectivamente. O mecanismo usado para clivagem da ligação peptídica formando um aminoácido (serina cisteina e treonina peptidases) ou uma molécula de água (aspártico e glutânico peptidases) nucleofílicos esse então pode atacar o grupo carbonil do peptídeo.
As Proteases ocorrem naturalmente em todos organismos e constitui 1-5% do material genético. Essas enzimas estão envolvidas em muitas reações fisiologicas desde a simples digestão de proteinas do alimento às cascatas altamente reguladas (por exemplo a cascata de coagulação do sangue, o caminho da apoptosis, e a cascata ativando do prophenoloxidase invertebrate). As peptidases podem quebrar uma ou outra ligações especificas do peptideo (proteólise limitada), dependendo da seqüência do aminoácido de uma proteína, ou quebrar completamente um peptídeo para aminoácido (proteólise ilimitada). A atividade pode ser uma mudança destrutiva que cancela a função de uma proteína ou que digere seus componentes principais, pode ser uma ativação de uma função ou pode ser um caminho sinalizado.

EP chocolate - Algoritmo

Olá coleguinhas ( pults, isso soa mt Saulo* =P), pra quem não sabe quinta tem prova do Alair.

Pra quem quiser estudar aí vai uma solução do EP chocolate usando o algoritmo de ordenação por inserção:

( o editor de texto do blogger estragou toda a idenção do código fonte )

void InserirOrdenadamente ( list** apontador_cabeca, list* novo )
// funcao para inserir um novo nodo numa lista ligada ordenada e mante-la ordenada
// recebe um apontador para a cabeca desta lista e um apontador para o nodo a ser inserido
{
list* p = *apontador_cabeca;

if( *apontador_cabeca==NULL || (*apontador_cabeca)->x >= novo->x )
{
novo->prox=*apontador_cabeca;
*apontador_cabeca=novo;
}

else // agora precisamos localizar onde o novo nodo serah inserido
{
while ( p->prox != NULL &&amp; p->prox->x <>x )
{
p=p->prox;
}
novo->prox=p->prox;
p->prox=novo;
}
}

void OrdenaPorInsercao ( list** apontador_cabeca )
{

list* proximo;
list* p=*apontador_cabeca;
list* nova_cabeca=NULL; // criaremos uma nova lista ligada que estarah sempre ordenada

while ( p != NULL )
{
proximo=p->prox; //p->prox serah alterado na funcao InserirOrdenadamente, por isso guardamo-lo
InserirOrdenadamente(&nova_cabeca, p);
p=proximo;
}
*apontador_cabeca=nova_cabeca;
}

Mais links sobre proteohlise

Desta vez tm uns MUITO legais: saum modelos matemahticos para descrever o equilihbrio entre sihntese e degradaçaum

The ups and downs of biological timers

Regulated Degradation is a Mechanism ...

Flw

A questao 6, atendendo a pedidos...

Pra facilitar a notacao eu vo adotar a notacao de operadores do apostol, portanto L(y) = y´´ + a(x)y´ + b(x)y.

[i] Sejam g e u duas soluções distintas de L(y) = 0, y(x0) = y0 e y´(x0) = y1.

Faça h(x) = g(x) - u(x), assim L(h) = L(g - u) = L(g) - L(u) = 0, com h(x0) = g(x0) - u(x0) = y0 - y0 = 0 e h´(x0) = g´(x0) - u´(x0) = y1 - y1 = 0.
Logo h eh solucao de L(h) = 0, h(x0) = h´(x0) = 0.

Por hipótese L(y) = 0, y(x0) = 0 e y´(x0) = 0 (EQ.1) tem solução única. E como y = f(x) = 0 eh solucao, segue q esta eh a unica. Portanto, sendo h(x) tambem uma solucao da EQ.1, h(x) = 0 => g(x) - u(x) = 0 =>
g(x) = u(x).

[ii] Seja G(x) uma solucao de L(y) = 0, y(0) = g1 e y´(0) = g2. Segue que G(x) eh a solucao geral, pois dados quaisquer condicoes iniciais (g1 e g2 arbitrarios) G(x) resolve a equacao.

Faca u(x) = -u1(x)g1 - u2(x)g2 + G(x), segue que u(0) = -u1(0)g1 - u2(x)g2 + G(0) = 0 - g1 + g1 = 0 e u´(0) = -u1´(0)g1 - u2´(0)g2 + G´(0) = 0 - g2 + g2 = 0. E ainda L(u) = -L(u1)g1 - L(u2)g2 + L(G) = 0. Portanto u(x) eh solucao da EQ.1, logo u(x) = 0 => -u1(x)g1 - u2(x)g2 + G(x) = 0 => G(x) = u1(x)g1 + u2(x)g2.

[iii] W´(x) = u1(x)u2´´(x) - u2(x)u1´´(x) (eh soh derivar W(x), sem segredos).

W´(x) + a(x)W(x) = u1(x)u2´´(x) - u2(x)u1´´(x) + a(x)[u1(x)u2´(x) - u2(x)u1´(x)] = u1(x)[u2´´(x) + a(x)u2´(x)] - u2(x)[u1´´(x) + a(x)u1´(x)] = u1(x)[-b(x)u2(x)] - u2(x)[-b(x)u1(x)] = 0
{Obs. u1´´ + a(x)u1´ + b(x)u1 = 0 => u1´´ + a(x)u1´ = -b(x)u1(x)}

Portanto W´(x) + a(x)W(x) = 0, com W(0) = 1 (substituicao direta). Ou seja, W(x) = C*exp[A(x)], onde A(x) = uma primitiva de a(x), pelo teorema (eu naum lembro do numero lah do apostol...). Como W(0) = C => C = 0. Por isso, W(x) = exp[A(x)] > 0, qualquer x pertencente a R.

[iv] Essa demonstracao tah meio grande, e eu tenhu q ir beber agora :)... qq coisa me pergunta segunda feira na aula q eu te mostro.

Flw, eu achu q tah td certu, mas nunca se sabe... :P

Links proconvertases

Alguns eu naum consegui acessar, tlvz alguehm possa faze-lo

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&...

Outro post sobre proteohlise

Estou colocando na minha pasta pessoal do Apostol alguns artigos q coletei 6a na minha ida ao ICB. Saum sobre os assuntos diversos relacionados ao tema e espero q seja uhtil àqles q pretendem dissernir sobre tohpicos especihficos. Abaixo seguem os links.
Nota:
algumas referencias bibliograhficas estaum nos prohprios artigos, como os da Nature Cell Biology, outros eu tenho anotado e alguns vou tr q procurar de novo (no PubMed) pq eu esqci...

Inibidores de calpaihnas previnem proteohlise de actina e fragmentaçaum de DNA durante apoptose

Calpaihnas: enzimas de visaum (relata a importancia das calpaihnas)

Proteohlise, dependente de caspases, de proteihnas integrais e perifehricas de membranas nucleares

A rota da destruiçaum (fala sobre a marcaçaum de proteihnas para a degradaçaum no sistema ubquitina-proteassoma)

Proteohlise intra-membrana (como o nome jah diz,degradaçaum de proteihnas presentes em membranas)

Proteohlise lisossomal em cehlulas do muhsculo esqlehtico

Proteohlise, o sistema Ub-proteassoma e doenças renais

Proteohlise: quando, onde e como? (traduçaum naum literal, mas q expressa o significado)

Calpaihnas e a regulagem da migraçaum celular

O sistema Ub-proteassoma, stress e envelhecimento

uau!

então, o artigo na wikipedia está crescendo: é por conta própria? e os links (caspases, calpaínas etc.) fomos nós que escrevemos? proponho que nos comentérios dessa postagem cada um diga o que adicionou ao artigo, ok?

Uma tentativa de organizar melhor o artigo do Emer!

Atençao interessados! A tentativa de preparar um artigo para o Emer parece estar meio desorganizada e gostaria de propor algumas soluções para esse problema. É claro que são só propostas, não estou comprometendo ninguém a seguir minhas sugestões, mas acho necessário que escolhamos algumas pessoas para realizar algumas funções importantes. Primeiramente acho que poderiamos começar dividindo os tópicos:
Lisossomos: Saulo

Caspases:O que temos sobre caspases, nesse momento, ainda eh incerto.

Calpaínas: Renan

Ubiquitina: Acredito que o seminario Leo/Rafael sirva o propósito

Peptidases:Luis

Pró-Convertases: Alquem que se Candidate

Editor-chefe: Fernando "Pizza". A função do editor-chefe é se responsabilizar por colocar os arquivos no Wikipedia e corrigir erros de português, ao mesmo tempo em que gera possíveis focos de melhora nos tópicos do artigo. Claro que todos devem fazer isso, mas escolher uma pessoa que faria especificamente isso garante q o trabalho seja feito. Lembrando que naum eh pq uma pessoa vai estar fazendo isso q os outros naum devem fazer(afinal isso eh um trabalho em grupo).

Trans-Golgi(Que foi um foco de melhora sobre o meu texto sobre lisossomos): Algum candidato.

Eu sei que existem poucas "vagas" para qm se candidatar a escrever, por isso qm falar q vai escrever escreve. Se alguma(s) pessoa(s) ficar(em) sem tema a(s) pessoa(s) smp pode(m) ajudar na edição sem contar q eventualmente vai surgir um assunto pra essa(s) pessoa(s) cobrir(em) (como por exemplo o Trans-Golgi q apareceu). Acho q se tds lerem td terão uma idéia mais ou menos geral do conteúdo do artigo.

Novamente são soh sugestões, este post estah muito bem aberto as opiniões dos interessados no artigo. E gente vamu deixar de preguiça pq custa uns 5 min pra comentar... Assim td mundo responde as perguntas do Leo (q sm qr puxar sacos foram perguntas pertinentes), fala se tah afim de participar, jah escolhe algo pra fazer e sugere coisas pra melhorar o artigo! Vamus fazer uma coisa decente pra "limpar" nosso nome no CM!!

URGENTE: NOTAS ALAIR

Ei gente, a Marisa pediu para todos nós mandarmos nossas notas finais do Alair (a do Jupiter) o mais rápido possível para o e-mail dela.
marisapaz@cecm.usp.br

EP chocolate

ei pessoal, alg. poderia por favor postar a implementação de lista de ligada que o alair passou? ela usa alocação dinâmica?

ah, e uma resolução do ex. 6 da prova do mané?
na verdade já entreguei a prova e tô indo p/ aparecida, então é só pra saber msm.

Aew galera eu andei preparando o texto sobre lisossomos para o artigo e eu to postando aki o q eu escrevi. Assim td mundo dah uma lida e melhora ateh ficar certinho pra ir pro artigo msm.



Lisossomos



Lisossomos ou lisossomas são organelas citoplasmáticas que executam a digestão intracelular controlada de macromoléculas (como por exemplo, proteínas, ácidos nucléicos, polissacarídeos, e lipídios) através de enzimas hidrolíticas. Os lisossomos possuem cerca de 50 enzimas hidrolíticas, entre elas se encontram proteases, nucleases, glicosidases, lipases, fosfolipases, fosfatases, e sulfatases, que são responsáveis pela quebra das macromoléculas a serem digeridas pelo lisossomo. Todas essas enzimas possuem atividade ótima em pH ácido (aproximadamente 5,0) e esse pH é mantido com eficiência no interior do lisossomo. Desse modo, os conteúdos do citosol são duplamente protegidos contra ataques do próprio sistema digestivo da célula uma vez que a membrana do lisossomo mantém as enzimas digestivas fora do citosol, mas mesmo em caso de vazamento, essas enzimas terão sua ação drasticamente reduzida pelo pH citoplasmático (aproximadamente 7,2) causando um dano mínimo na célula.
Além do conjunto único de enzimas, o lisossomo também possui uma membrana envoltória única dentre as organelas intracelurares. Proteínas transportadoras contidas nessa membrana, permitem que os produtos da digestão final das macromoléculas (tais como aminoácidos, açúcares, nucleotídeos e até mesmo pequenos peptídeos) transitem para o citosol onde serão excretados ou reutilizados pela célula. Além dessas proteínas, a membrana do lisossomo possui uma bomba de H+, que através da hidrólise do ATP bombeia íons H+ para o lúmen mantendo assim o pH ácido ideal para a ação enzimática. A maioria das membranas lisossomais são altamente glicosiladas para protegê-las das protesases contidas no lúmen.
Uma das principais funções dos lisossomos é a digestão de materiais provenientes do meio extracelular, adquiridos pela célula através da endocitose. No entanto o papel do lisossomo na digestão de materiais extracelulares adquiridos pela endocitose remete não somente a sua função, mas também a sua formação, uma vez que geralmente os lisossomos são formados pela fusão de vesículas transportadoras associadas à rede Trans-Golgi com os endossomos, que contêm as moléculas adquiridas pela endocitose na membrana plasmática.
A formação do lisossomo então representa a intersecção entre a via secretória, através da qual as proteínas lisossomais são processadas, e a via endocítica, através da qual as moléculas extracelulares são adquiridas na membrana celular. Durante a endocitose, materiais extracelulares são internalizados através de vesículos endocíticos revestidos por clatrina (clathrin-coated), que se desprendem da membrana plasmática e depois se fundem com o endossomo precoce (early endosome). Os componentes membranosos são então reciclados e o endossomo precoce gradualmente amadurece para um endossomo maduro (late endosome) que é o precursor do lisossomo. Uma das mudanças mais significativas desse amadurecimento é a queda do pH para aproximadamente 5.5, que desempenha um papel vital na entrega das hidrolases ácidas lisossomais pela rede Trans-Golgi ao endossomo maduro.
As hidrolases ácidas são sinalizadas para o lisossomo através de resíduos de manose-6-fosfato, que são reconhecidos pelos receptores de manose-6-fosfato da rede Trans-Golgi e empacotados em vesículas revestidas por clatrina (clathrin-coated). Após a remoção desse revestimento de clatrina, a vesícula transportadora se funde com o endossomo maduro e o pH ácido interno faz com que as hidrolases ácidas se desprendam do receptor de manose-6-fosfato. As hidrolases então são liberadas no lúmen do endossomo, enquanto os receptores permanecem na membrana e são eventualmente reciclados no AG. Os endossomos maduros então se transformam em lisossomos ao adquirirem um conjunto de hidrolases ácidas que começam a digerir as macromoléculas originalmente incorporadas ao endossomo pela endocitose.
No entanto existem também duas rotas alternativas das quais derivam os materiais a serem digeridos pelo lisossomo: a fagocitose e a autofagia. Na fagocitose, células específicas, tais como os macrófagos, incorporam e degradam partículas grandes como bactérias e células envelhecidas que precisam ser eliminadas do corpo. Tais partículas são incorporadas em vacúolos fagocíticos (denominados fagossomos). Os fagossomos então se fundem aos lisossomos resultando na digestão de seus conteúdos. Os lisossomos formados através dessa via (fagolisossomos) podem ser consideravelmente grandes e heterogêneos uma vez que sua forma e tamanho são determinados pelo material a ser digerido.
Os lisossomos são também responsáveis pela autofagia, ou seja, a digestão gradual de componentes da própria célula. O primeiro passo da autofagia é um mecanismo que parece ser representado pelo envolvimento da organela a ser digerida por uma membrana derivada do retículo endoplasmático, formando então uma vesícula denominada autofagossomo. Esse autofagossomo, de maneira análoga ao fagossomo, se funde ao lisossomo ocorrendo então a digestão de seu conteúdo.

Atenção Moleculentos!!!

Atenção galera da T. 15!!! Como muitos de vcs devem estar sabendo devemos entregar ateh segunda feira ao professor Emer um esboço de um artigo que provavelmente iremos estar lançando na revista CCM (se td correr bem) ou ateh msm em alguma revista brasileira de ciencias (se td correr absurdamente bem e um milagre acontecer). Gostaria que os interessados em participar do projeto se manifestassem para que pudessemos organizar a Turma( ou um grupo) de maneira a tornar o nosso trabalho mais eficiente. Na verdade, o q eu estou sugerindo eh dividir os topicos entre aqueles que quiserem fazer o trabalho. E estou começando a pensar que antes de lançarmos o artigo direto na Wikipedia em português talvez devessemos ao menos fazer esse esboço para não colocar nada de má qualidade online. Acredito que uma vez que todos tenham escrito dois ou três parágrafos com idéias e fundamentos que serão abrangidos no artigo poderemos então discutir as idéias e trocar informações enriquecendo o conteúdo do esboço. Após esse esboço então acho mais conveniente começarmos a tradução de papers e a elaboração do "FrankenMonstro Control+C Control+V" sobre proteólise e consequentemente a publicação de algumas coisas na Wikipedia. Dessa maneira, acredito que seja uma solução prática e fácil para conseguirmos fazer um artigo de qualidade. Peço aos interessados que por favor, comentem e opinem sobre as minhas idéias e frizo q se cada um tentar fazer por si esse artigo a gente pode chegar a lugar nenhum. A união faz açúcar!!!

P.S. - Parece que voltou a moda das namoradas imaginárias graças ao Luis e a sua nova namorada que mora debaixo da Pia!!!

Prova Mané

Boo, a prova do Mane foi adiada para amanhã (é você ainda não se livrou dela)

Simulação de vírus e regeneração neural

Gostaria de pedir que comentassem no meu post sobre o artigo que o Emer propôs, já que fiz umas perguntas. E seria legal comentar no do Pizza também.

Nanotech helps blind hamsters see

Ratos com o nervo óptico lesionado (cegos) que receberam uma injeção de peptídios sintéticos recuperaram a visão!

Scientists Model Entire Virus

Conseguiram simular átomo a átomo (pelo menos é o que está escrito na notícia) o vírus do mosaico do tabaco satélite e uma gota de água em volta dele num supercomputador !!! Bom, foi por apenas 50 bilionésimos de segundo mas ainda assim...!

Artigo Lennard Jones

Eu tenho os artigos originais do Lennard-Jones, a saber, "On the Determination of Molecular Fields.From the Variation of the Viscosityof a Gas with Temperature" e " On the Determination of Molecular Fields.From the Equation of State of a Gas"
Bem, acho que só servem a título de curiosidade porque o artigo está cheio de Integrais, de β,Y,U,Q,,etc...Acho que não ajuda muito com nossa pequena monografia, é artigos do tipo que só o Leo leria.
Eu os achei na Net mas a USP não tem permissão de acessá-lo:

http://links.jstor.org/sici?sici=0950-1207(19241001)106%3A738%3C463%3AOTDOMF%3E2.0.CO%3B2-4
http://links.jstor.org/sici?sici=0950-1207(19241001)106%3A738%3C441%3AOTDOMF%3E2.0.CO%3B2-C

Eu deixarei uma xerox na nossa pasta!


EP Chocolate

Parq quem não veio na aula do Alair, ele passou um EP para a próxima Terça-Feira valendo um chocolate:

Dado uma lista ligada, ordená-la.

Pode ser usado os algoritmos de ordenação que ele já passou para vetores e a implementação de lista ligada que ele deu em aula.

Depois eu ponho aqui a implementação de lista que ele passou em aula para quem quiser, agora preciso fazer outra coisa

Parabehns, Felipe

Lhe desejo felicidades tanto pelo dia d hj qto pela sua nova velha vida de Franciscano. Parabehns!! Citando as plvrs do Daizo editadas ao meu modo: "Vc estarah smp em nossos coraraçoens." Abraços.

Freakazoid

Eu proponho que o Bob Esponja seja substituído, no fundo de tela do blog, pelo Freakazoid. Alguém se manifesta?

Ola queridos moleculentos!!!

Estou dodoi!!!!!!!!!
Fui no pronto socorro hoje, tirei um raio-x e meu diagnostico e o seguinte; "sem inflamação, sem sinusite, um pouco de secreção, talves uma renite aguda ou uma sindrome de pauling". Minha resposta; "o que????????" o medico "gripe".
Mas ta mais para uma dor de garganta com mta dor no corpo sem espirros (olha que milagre) e uma voz horrivelmente roca.

Sera que alguem podia me passar a materia????? Por fafor?!?!?!?!?!?!?!

E isso, e capaz que amanha eu apareça!!!!!

Bjos meus queridos

Artigo - Proteólise - Emer

O Emer propôs que escrevêssemos um artigo sobre proteólise, em conjunto, por se tratar de um assunto importante, e para termos um contato maior com a matéria.
Assim sendo, por se tratar de um artigo em conjunto, sugiro que o façamos na Wikipédia (em português): pt.wikipedia.org/wiki/Proteólise, já que o artigo não existe ainda (eu acabo de criá-lo), e é uma interface muito adequada para que todos possamos editar.
Além disso, se tudo correr bem, ele comentou que poderíamos tentar publicar o artigo (numa revista como a do CM, a Ciência Hoje ou a SCIAM Brasil), o que seria muito interessante para todos nós, uma vez que aprenderíamos um pouco sobre como ocorre a submissão e a publicação de uma artigo, e o nível de exigência para tal.
Mas acho que um dos principais interesses seria de melhorar um pouco a imagem de nossa turma, que parece estar um pouco mal querida pelo CM...
O Emer quer que tragamos tudo o que conseguirmos fazer na 2a feira, pesquisando as tais vias proteolícas.

Então, o que acham da idéia do artigo?
O que acham da idéia de fazer na Wikipédia?

Quem quiser editar o artigo, basta entrar nele, clicar na aba 'Editar' e adicionar/alterar o que quiser.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Proteólise
Eu sugiro como modelo o artigo sobre a Ubiquitina:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Ubiquitina

Quem quiser algum tipo de ajuda com a Wikipedia é só me falar.

Salve Moleculentos!

Bom galera!

Queria agradecer as pessoas que se manifestaram aqui no blog, pelo apoio e pela compreensão.

O fato é que eu entreguei o requerimento de matricula na FD sexta, sendo que o mesmo será julgado amanhã (segunda). Na terça já terei uma resposta.

Na hora confesso que fiquei novamente em duvida. Cheguei a cogitar ficar no CM, mas eu já estava decidido a fazer isso. Não voltaria atras na hora.


Bom pessoas.

É isso!

Amanha tenho que ir no CM, entregar um livro da biblioteca.
Então creio que atá breve!

Ps: Daizo, não se preocupe quanto a piada quanto ao suor em lugares indiscretos. E seu nome no meu texto é uma piada (ruim) mal expressa...

Trabalho Química - Equações de Estado

Para quem faltou, dormiu, etc, nas últimas duas aulas do Paulo Sérgio, ele disse que não virá nessa semana e para compensar pediu um trabalho:

Um texto informal de no máximo 5 páginas comentando o significado físico das equações de estado de Van Der Waals(1), Eq de Virial(2), Temperatura crítica(3), e Potencial de Lennard Jones(4), citando fontes.

Para quem não faz idéia do que são essas coisas, todos os tópicos constam na wikipedia:

http://en.wikipedia.org/wiki/Van_der_Waals_equation
http://en.wikipedia.org/wiki/Equation_of_state#The_virial_equation_of_state
http://en.wikipedia.org/wiki/Critical_temperature
http://en.wikipedia.org/wiki/Lennard_Jones_potential

Obs: Creio que o trabalho seja para a outra semana (dia 20), e acho que ele também disse para procurarmos a relação entre as 4 coisas. Ele recomendou o Atkins, o McQuarrie e um outro...

Reafirmando os boatos

Certamente alguns, senão todos, já ouviram boatos quanto a minha saida eminente do CM.

Então caros amigos, vou explicar-me, mesmo não sendo necessario. Na verdade tentarei expor algumas coisas que me levam a tal decisão como forma de justificar o o requerimento que tenho que escrever. E não quero que isso fique de alguma forma mal entendido (como a saida de um antigo membro que simplesmente afirmou estar coxo o curso e saiu, levantando boatos que tal atitude deveu-se a uma certa prova de quimica...).

Bom.

Vamos começar do começo.

Meu principal interesse em ir pro CM era a física. O motivo por eu não ter prestado física tem nome, chamasse matematica, que eu vi (presenciei, senti e sofri) materializado sob a alcunha de Tom Mike Apostol.
Não tem jeito. Não sou apto a matematica.
Aprendi a respeitar, descobri algumas coisas interessantes, mas não gosto. Certamente não quero viver/depender disso o resto da vida.
Física, descobri só ser atraente quando não envolve números e vetores (leia-se aqui livros de divulgação como os do Hawking).
Não gosto muito de química (princpalmente a ponto de fazer avançado nisso, e pesquisar nessa area).
Computação e bio tenho lá minhas criticas, mas não posso dizer que não gosto.

Ok.
Fiz um balanço das matérias, mas não disse nada de mais (ou que não era sabido!)
O que mais me incomoda é a sensação de estudar e não estar aprendendo.
Calculo não estou aprendendo. Pode ser maravilhoso estudar tantas e tantas definições, demonstrações e etc... mas me são tão ulteis quanto assistir aulas em ebraico. Muito bonito apesar de não fazer sentido na minha cabeça.
Não acho a física mais tão atraente, estando a mesma deficitada pelo meu desinteresse/desgosto por matematica.

Isso por si só já seria motivos para abandonar.

Não vou ficar no curso estudando três materias que não me agradam! Ainda mais que bio nem estuda plantinhas!!!E computação é interessante mas não é algo que quero pra mim!

Ai entra outros fatores.

Não suporto o big brother do CM.
Sei que vocês dirão que não, mas não consigo deixar de pensar que pelo que eu tenho aproveitado do curso de calculo, em um futuro proximo (leia-se quando o professor deixar de dar provas valendo dezessete e sai da sala (sim isso influenciou pois colei em duas provas e meia apesar de contra a minha vontade)) serei jubilado. Ou até mesmo em física.
Essa coisa de futuro academico incerto me incomoda.
E depois disso não preciso dizer que a area que eu tinha interesse em desemvolver pesquisa já se tornou carta fora do baralho! Imaginem eu na física teorica!

Outra coisa que me incomoda é o curso ter essa contante discussão em relação ao curso. Estamos a todo momento contestando e visando melhorar o curso. Isso pra mim denota que há algo errado ( e pra mim isso é evidente).

Já é tanto tempo pensando se é a coisa certa ficar no CM, hora eu quero sair, outra hora ficar, já enxeu o saco!

Vou ser honesto (sintam-se a vontade de julgar-me por isso) mas outra coisa que pesou foi ver meus amigos de colegio arrumando a vida, fazendo cursos que levam a uma carreira em que se arranjam empregos e se constroem vidas. Me senti um tanto inseguro pois pareceu-me que estava indo para um beco sem saida. Pois não caminhava para uma carreira que não promete (ou dificilmente) retorno financeiro e que nem mais parecia dar-me prazer. O que me daria então?
A idéia de estar em idade avançada e permanecer sob a dependencia financeira do meu pai pareceu-me assustadora! (devido a relação que mantenho com o mesmo)

Do mais, não me vejo sendo cientista mais. acho que me falta algo.

Certmante sentirei falta do ambiente do CM, do pessoal, das conversas da biblioteca. Por isso acho que não quero sair do CM, mas acho que devo.


Bom. Como vocês sabem, ano passado escrevi a carta de desistencia e não desisti.
Agora que terminei isso vou escrever o requerimento para retornar ao direito. Irei amanhã para lá, assisitirei aulas e tomarei a decisão. Caso entregue o requerimento estarei no CM a tarde para entregar "A CARTA" para a Marisa!

Caso alguem esteja curioso ou pensando "Ué, ele não odiava o Direito?"
Sim, não apreciei a primeira passagem, mas adimto ter mais facilidade no mesmo do que para a ciencias (exatas pelo menos).
Mas ainda sim acho que tenho que tentar novamente.
O fato é que se eu estivesse em um curso que eu gostasse certamente já teria voltado! Voltarei (se voltar) para o direito pois foram muitos anos querendo faezer isso e acho que desisti muito facil de lá! E não sei julgar o quanto minha decisão de não gostar do Largo foi influenciada pela mudança de cidade, mudança de ambiente (colegio para a faculdade), pelo meu idealismo ultopico e atá por outros problemas pessoais que passei (obviamente envolvendo pessoas do sexo aposto (Daizo, caso leia isso e fique em duvida estou me referindo ao sexo feminino!)). Vou pra lá, talves por 5 dias, 5 meses ou 5 anos. Não sei.


Mas não acho que tenha sido em vão minha passagem pelo CM. Fiz amigos. Adquiri visões mais realistas e diferenciadas de alguns tópicos. E nunca vou ficar com aquele sentimento de e se...eu posso dizer que tentei!


Bom após esse tópico gigante vou aos deveres!

Mandarei mais noticias em breve!

O Mané de Schrödinger

Aleatoriedade & Arbitrarieade. Acho que essa dupla dinâmica teve ativa particapação neste fenômeno notavelmente não-determinístico que foi a eloboração das notas postadas aí embaixo.

É como dizia Einstein: "God don't play dice, but Mané does!".
Apesar disso, ou justamente por causa disso, gostei mt da minha. Um efusivo obrigado ao nosso professor quântico!

P.S.: Mas o post nem era sobre isso, era aó pra linkar este artigo.

Notas Matemática I

Êêêê!!! Finalmente saíram!
ALEXANDRE LIN7.0
BRUNO R. BARREIRA7.0
CARLOS A. M. MARIN7.2
DAIZO HARADA6.5
DANIEL R.I. MIYASHIRO9.5
FELIPE A.N. FERRAZ5.1
FERNANDO W.S. ROSSINE9.5
GUSTAVO A.T. SACAMOTO8.0
LEO H. M. ARRUDA8.5
LUIS F. RAGOGNETTE6.8
LUISA A. PEREIRA5.1
MATHEUS C. OLIVEIRA5.1
RAFAEL P. PROENÇA6.0
RENAN Y. SHIMABUKURU6.5
RENATO S.P. COELHO6.0
SAULO H.P. OLIVEIRA8.0

Chinese BSB

eu jah tinha visto o video que o rafael postou, eh bem engracado, mas esse eh muuuito melhor...

http://video.google.com/videoplay?docid=-6739710473912337648

O princípio de Mach e a criação do universo

Parece que existe uma teoria concorrente da relatividade geral, a teoria de Brans-Dicke, e que ela é mais consistente com o princípio de Mach (que diz que a inércia é causada pela presença de massa no universo e que não existe aceleração absoluta), e mais ainda, uma variação dela propõe que a massa é criada por campos gravitacionais e escalares de modo que o universo cria sua própria massa... ora, mas o espaço-tempo não depende de massa para existir?

links pro Leo

Procuro sempre ler os links que Leo posta aqui. São sempre bons, então, pra animá-lo, agradeço e ofereço mais uns, fontes férteis de artigos interessantes. Espero que lhes seja útil:

http://www.newscientist.com/channel/being-human
http://www.newscientist.com/blog/shortsharpscience/
http://www.newscientist.com/blog/technology/
www.kuerzweilai.com
http://www.inovacaotecnologica.com.br/index.php
http://cognet.mit.edu/library/erefs/mitecs/
http://ocw.mit.edu/index.html
http://human-nature.com/
http://www.everything2.com/
http://www.bbc.co.uk/science/humanbody/

Talvez vcs já conheçam alguns, ou todos. Se não, dêem uma passadinha. Purezempru, o OCW - site onde, entre outras coisas, o MIT disponibiliza seus roteiros de cursos - é imperdível.

Ah, bonus track pros que cansarem de links sobre ciência: quadrinhos politicamente incorretos: www.malvados.com.br
e outro bônus track, o vídeo mais engraçado de toda a incomensuravel e colossalmente grande www : http://media.putfile.com/Best--Movie--Ever ( eu já postei isso aqui, mas como ng deu bola, insisto ).

And that's all, folks.

Chuva de ETs

Hum, me parece bastante improvável, but whatever...

Red rain could prove that aliens have landed

Em julho de 2001 caiu uma chuva vermelha na Índia, e ocorreu por uns 2 meses... uma análise química sugere que possa se tratar de material biológico, e ao que tudo indica veio de um cometa...

Vírus?

Um artigo da Discover deste mês diz que os vírus são muito mais diversos do que pensávamos, variando de pedaços de RNAs soltos a seres de DNAs mais complexos que bactérias e dá margem à possibilidade do núcleo eucariótico ter surgido por simbiose com um vírus!

Unintelligent Design

A monstrous discovery suggests that viruses, long regarded as lowly evolutionary latecomers, may have been the precursors of all life on Earth


Uma visão mais moderada compara o artigo com um outro, da Nature, que sugere que o núcleo surgiu como uma defesa ao ataque de íntrons que teria surgido pela incorporação da mitocôndria, originando-se a partir de estruturas pré-existentes da célula:

A viral influence on life's origins? - John Timmer

Breaking News! Wikipedia vs our Chemistry Professor

One common misconception is that glass is a super-cooled liquid of practically infinite viscosity when at room temperature (see Amorphous solid). Supporting evidence that is often offered is that old windows are often thicker at the bottom than at the top. It is then assumed that the glass was once uniform, but has flowed to its new shape.

The likely source of this belief is that when panes of glass were commonly made by glassblowers, the technique that was used was to spin molten glass so as to create a round, mostly flat and even plate (the Crown glass process, described above). This plate was then cut to fit a window. The pieces were not, however, absolutely flat; the edges of the disk would be thicker because of centrifugal forces. When actually installed in a window frame, the glass would be placed thicker side down for the sake of stability and visual sparkle. Occasionally such glass has been found thinner side down, as would be caused by carelessness at the time of installation.

  • Writing in the American Journal of Physics, physicist Edgar D. Zanotto states "...the predicted relaxation time for GeO2 at room temperature is 1032 years. Hence, the relaxation period (characteristic flow time) of cathedral glasses would be even longer" (Am. J. Phys, 66(5):392-5, May 1998). In layman's terms, he wrote that glass at room temperature is very strongly on the solid side of the spectrum from solids to liquids.
  • If medieval glass has flowed perceptibly, then ancient Roman and Egyptian objects should have flowed proportionately more—but this is not observed.
  • If glass flows at a rate that allows changes to be seen with the naked eye after centuries, then changes in optical telescope mirrors should be observable (by interferometry) in a matter of days—but this also is not observed. Similarly, it should not be possible to see Newton's rings between decade-old fragments of window glass—but this can in fact be quite easily done.
Diaxo, afinal, vidro é ou não é líquido?

Encontrei uma boa resposta aqui ó:

http://math.ucr.edu/home/baez/physics/General/Glass/glass.html

Conclusion

There is no clear answer to the question "Is glass solid or liquid?". In terms of molecular dynamics and thermodynamics it is possible to justify various different views that it is a highly viscous liquid, an amorphous solid, or simply that glass is another state of matter which is neither liquid nor solid. The difference is semantic. In terms of its material properties we can do little better. There is no clear definition of the distinction between solids and highly viscous liquids. All such phases or states of matter are idealisations of real material properties. Nevertheless, from a more common sense point of view, glass should be considered a solid since it is rigid according to every day experience. The use of the term "supercooled liquid" to describe glass still persists, but is considered by many to be an unfortunate misnomer that should be avoided. In any case, claims that glass panes in old windows have deformed due to glass flow have never been substantiated. Examples of Roman glassware and calculations based on measurements of glass visco-properties indicate that these claims cannot be true. The observed features are more easily explained as a result of the imperfect methods used to make glass window panes before the float glass process was invented.

Alegrem-se, Regozijem-se, Possuidores de Pés!

http://media.putfile.com/Best--Movie--Ever

Socoooro meu Deus!

Bom dia queridas pessoas!

Seguinte... meu pseudo-casamento acabou [pra quem não sabe minha namorada morava a 4 passos e um grito do meu quarto] e eu estou quase arrasado. Você, agora, se perguta "E que merda eu tenho a ver com o pseudo-casamento do Sooombra??". A resposta é que agora você tem mais alguém sem nada o que fazer [e isso em fim de namoro é a pior coisa q pode acontecer]! Então em vez de ficar olhando esse bolg, tá na hora de a gente sair [ou ficar ai na sua casa!].

Como todo mundo não vai sair todo dia, aceito convites de pessoas que tenham bons jantares [digo jantar de mãe ou de restaurante... tá certo... como até o q tu fizer] pra ter o q fazer no pós aula [isso é EXTREMAMENTE importante nas próximas duas semanas]; e nos finais de semana se alguém for pra alguma baladinha, choppada, festa, mega-show, casa de massagem etc pode me chamar que dou aquele jeitinho, mas é sério.

Começa logo anotando o celular 011 8447 5491 [sim, funciona] e agora liga pra aquela menina que tem uma melhor amiga gatinha e marca de sair no próximo [11 e 12 ou 18 e 19] fim-de-semana.

Se tiverem programas coletivos pra próximo fds [11 e 12] pode postar aqui mesmo no blog!

Abraços!

PS.: to rindo muito agora por causa do fim da música Isaltina, do Falcão: "... pobre é igual a lombriga, quando sai da merda morre!"