Cositas más

Alguém poste o EP que o Fleming pediu (não que eu saiba fazer...) =
E o Saulo marcou uma prova para... o dia 9.

É isso.

Test

Test.

Saiiiirrrr!!!

Alguma programação pro final de semana além de votar?

Papel digital, finalmente!

Depois de anos de promessas, finalmente chegou!(bastante caro por sinal, US$350):

Sony Reader
Agora podemos levar nossos livros favoritos num memory card e lê-los sem precisar de um notebook. A tinta eletrônica (E-ink) não necessita de energia para manutenção da imagem, apenas para sua alteração. O que também é mais agradável para leitura. Ah, e também toca mp3.

Prova

A prova já foi mandada pra lista da T 15....

PS2PDF

Coloquei um link para o PS 2 PDF aí na barra lateral, agora ninguém tem desculpa heheh.

Aula do Tal

Hoje de manhã teve aula do Tal, como combinado ontem; ele deu formas canônicas de Jordan, e vai revisar na aula que vem. Como só estavam eu, o Fena e o Gustavo, fiz um resumo da aula pra quem quiser dar uma olhada:
Forma canônica de Jordan - Wikoleculares

Prova e exercícios do Fleming

Alguém (pode ser o próprio) pode confirmar se a prova é com consulta e se cai o cap. 4?

Para quem não consegue abrir ps em casa, este é o email que o Fleming mandou:
"Prova-­teste de Física
1. Exercício 1.22 do capítulo 1 do Purcell.
2. Exercício 1.21 do mesmo capítulo (gosto deste!).
3. Exercício 1.20 do mesmo capítulo.
4. Exercício 2.3 do capítulo 2.
5. Exercício 2.4 do capítulo 2.
6. Exercício 2.7 do capítulo 2.
7. Exercício 2.15 do capítulo 2.
8. Exercício 3.6 do capítulo 3.
9. Exercício 3.8 do capítulo 3.
10. Exercício 3.12 do capítulo 3."

Reunião da Comissão

A reunião foi tranquila, a única reclamação foi da presença, mencionada pelo Saulo, Tal, Lucile e Koiti (mesmo sem estar presente). O Mané fez alguns comentários a respeito e disse que nossa turma deveria ser mais presente no curso, ainda que nem tanto nas disciplinas.

A Lucile advertiu que 3 pessoas estão mal de nota na disciplina dela (ela ainda não corrigiu os relatórios, e apenas começou as provas). E também reclamou de alguns relatórios sem estrutura, "longe do ideal".

O caso Koiti não foi discutido. A Lucile pediu que o deixasse para uma reunião a ser marcada dentro de 10 dias especialmente para a Química.

Luto.

A Karine foi demitida... Justus, você está demitido da minha vida também.

Emdrive, genial!

Relativity drive: The end of wings and wheels?
Roger Shawyer criou um dispositivo capaz de gerar propulsão burlando as leis de Newton com relatividade restrita. O dispositivo amplifica a pressão exercida pela luz prendendo microondas num tubo. Extremamente simples e parece que funciona mesmo!

Another great success by Weird Al

White & Nerdy
por Weird Al

Letra

Reunião

Precisamos decidir quem irá na reunião da comissão. Propuseram-se eu, o Ronaldo e o Pizza. Alguém tem algum comentário a respeito?

Koiti - versão final

A versão final da carta de avaliação (foi enviada uma cópia para o Koiti por e-mail, caso ela não chegue a tempo) está disponível em:

http://wiki.cecm.usp.br/wiki/Usu%C3%A1rio:Rend/Koiti

Avaliação dos professores

Amanhã é o último dia para se entregar os questionários de avaliação dos professores. A reunião será na segunda-feira.

Precisamos decidir quem irá na na reunião. Eu me disponho a ir, mas quero que mais alguém vá, porque não sou bom em discutir pessoalmente e em particular não sei defender pessoas. Seria bom alguém capaz de mencionar casos e exemplos concretos para ilustrar o que estamos falando. Comentem suas indicações (e contra-indicações).

Escrevi uma longa avaliação dizendo tudo o que acho que há de errado com a aula do Koiti. Ela está no Wiki:

http://wiki.cecm.usp.br/wiki/Usu%C3%A1rio:Rend/Koiti

Quem quiser assinar também, basta editar e colocar o seu nome. Eu darei uma revisada nas alterações antes de entregar.

Prova do Fleming

O prof. Fleming nos convidou a escolhermos a data da prova. Sugiro na quarta (27) ou na terça (26) da semana que vem. O que acham?

Royal Society e fabricação de petróleo

Royal Society opens free online archive
A Royal Society disponibilizou o conteúdo de artigos históricos por dois meses. Há artigos muito interessantes como por exemplo o artigo do Watson e Crick.

Solar alchemy turns fumes back into fuels
Finalmente descobriram um jeito de converte CO₂ em combustível usando luz solar! Nossos problemas acabaram! Infelizmente o processo ainda é um tanto ineficiente, vamos ver se dá em alguma coisa...

Campos magnéticos e células de combustível

Scientists discover molecule behind birds' magnetic sense
Os criptocromos são fotoreceptores sensíveis à luz azul e agora descobriu-se que também a campos magnéticos. E são altamente conservados evolutivamente.

New type of hydrogen fuel cell powers up
Em breve não teremos mais que ter medo de explodir por ter um carro movido à hidrogênio.

Google: mas que belo f...

Taq Polymerase: 10¢/unit
Recombinant Taq Polymerase from the leader in enzyme technology.

Fonte: aí em cima.

Tabelas (by Sooombra)

As tabelas estão em:

http://www.cecm.usp.br/~issamu

Segundo as palavras do próprio:

"fica convencionado q ninguem muda o lance dos 10 mil

essa passar a ser a tabela correta

uma tabela com as "contagens por minutos" q eh contagem de "flashes"

e depois a traducao disso em serina..

o quanto de serina radioativa existe em cada solucao...

nas q foram preparadas com tais fosfolipeos.. tem tanto q serina marcada...

pelo grafico quando colocamos PE ocmo substrato.. a qnt de serina marca aumenta com o tempo..

sugerindo q a PE é utilizada para fabricacao de PS..... [assim como a PSS2 faz.... troca a etiloamina por uma serina....]"

É isso :p

Dilema do moleculento

Colegas da T15, eu não quero motivar ninguém a desistir, mas eu não vou entregar o relatório amanhã cedo e provavelmente não antes de quinta-feira. Estou apostando algumas fichas minhas em química (embora o risco seja bem maior), e estou exausto, não vou me desgastar tanto para terminar o relatório a tempo. Mas é só uma aposta...

northern e southern

alguém sabe o que é o que em cada um desses?

Primers e Mais Fotos

Primers do PCR:

FOSFM5´S: 5´ ACC CCA CCC GGC TGT GTG G 3´
FOSFM3´AS: 5´ CGC CCA CAG GAC CAG TCG 3´

Fotos do Southern:

Identifiquem (se descobrirem qual é o seu digam, se não souberem escolham um, basta que a convenção valha para todos):

http://www.cecm.usp.br/~rend/Fotos/Biomol2

1- Charlotte (C)
2- Maria Fernanda (Rubens)
3- Maira (Risco)
4- Marcos (Acapulco)
5- Northern na membrana com corante
6- PCR Crithidia
7- idem
8- idem
9- Southern e Northern: raio x
10- Southern e Northern: raio x
11- Southern e Northern: raio x
12- Southern (DNA genômico)
13- idem
14- idem
15- idem
16- idem
17- idem

Relatorio...endless

Então queria saber se alguem(preferencialmente do meu grupo) sabe o quanto foi colocado de inserto no miniprep... Ainda q a gente fez soh um miniprep com inserto...pq eu naum anotei... Ah e queria saber também se alguém recebeu as fotos do Southern e do Nordem(by Bananaum) e a sequencia ds primers...

FODEU

FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU FODEU

Exemplo de paper

Quem quiser um paper para se basear (diagramação, estrutura, fontes, etc) pode usar este, que aliás parece ser uma boa referência para o assunto:

http://www.cecm.usp.br/~rend/Gupta.pdf

a Lucile ou os monitores mandaram as fotos, o gráfico e os primers??
eu só tenho as fotos que a Luiza tirou

Links para procrastinação

Quem estiver querendo procrastinar, mas estiver meio sem idéias, eu achei dois artigos:

AGC: Rob Pardo’s keynote
Um longo artigo sobre o desenvolvimento do jogo World of Warcraft. Muito bom.

Gene Found to Switch Off Stem Cells During Aging
Aparentemente o gene p16-Ink4a desliga células-tronco a fim de evitar o surgimento de câncer conforme o envelhecimento.

Mental Activity Seen in a Brain Gravely Injured
O caso de uma mulher consciente mas completamente sem resposta.

experimento III

Protocolo 4A: só para colocar em quais temperaturas colocamos cada eppendorf para que os primers se ligassem.

1. 54.0ºC
2. 55.7ºC
3. 57.3ºC
4. 58.9ºC
5. 60.0ºC
6. 54.0ºC
7. 55.7ºC
8. 57.3ºC
9. 58.9ºC
10. 60.0ºC
11. controle 54.1ºC

autorização

Eu acho (não sei se todo mundo acha) legal agente pedir para os monitores darem uma olhada no blog para caso eles achem possiveis erros nos dados que agente postou ou nas nossa afirmações. O que vcs acham?????

Minipreps

<

Transf. Orgânica		Azuis	Brancas	Mini-prep
1	La (500)	255	53	1, 2, 3
2	Cd (9000)	205	35	4
3	Cd (500)	467	177	5, 6, 7
4	Cd (400)	5	6	8
5	Lm (500)	80	16	9, 10, 11
6	Lc (500)	17	12	12, 13
7	Lc	84	50	14, 15
8	Tc	136	12	16, 17, 18
9	Lg	85	52	19, 20
10	Lg	11	50	21, 22
11	Lg	-	-
12	Controle (sem ligase/sem inserto)	3	6	23, 24
13	Controle (com ligase/sem inserto)	116	31
14	Controle kit	-	1
-	Controle PUC

Eletroforese da digestão de DNA genômico

Resultado da eletroforese (ainda sem figura):

1- Lambda
2- Crithidia fasciculata PstI
3- Crithidia fasciculata HindIII
4- Crithidia fasciculata HindIII+PstI
5- Leishmania major PstI
6- Leishmania major HindIII
7- Leishmania major HindIII+PstI
8- Leishmania amazonensis PstI
9- Leishmania amazonensis HindIII
10- Leishmania amazonensis HindIII+PstI
11- Crithidia deanei PstI
12- Crithidia deanei HindIII
13- Crithidia deanei HindIII+PstI
14- Lambda

Fotos

Postem a autoria (mesmo que incerta) das fotos de seus grupos

As fotos podem ser vistas em http://www.cecm.usp.br/~rend/Fotos/Biomol/

21 - Acapulco (poço 1:controle; 2-6 L. major; 7-11:C. deanei)
(da esquerda para a direita, com os poços em cima)
23 - idem
24 - idem
25 - Rubens (1: controle; 2-6 L. amazonensis; 7-11 T. cruzi)
26 - idem
27 - idem
33 - Risco (Deu errado, feito de novo)
34 - idem
35 - idem
36 - PARABÉNS JAPONÊS!
37 - idem
38 - Risco (o seguinte está melhor)
39 - Risco (1:Padrão;2-4:Leishmania chagasi;5-7:Leishmania guyanensis)
40 - Rubens (1: (amplificação do poço 3 L.a.) 2 bandas de cima; 2: (amplificação de 7 T.c) a banda de cima) e Acapulco (3: amplificação do 2 L.m. 5 bandas+primer=6)
41 - idem
43 - idem
44 - idem
45 - Acapulco (1: Crithidia deanei, 1 banda) e (2 bandas de outro grupo)
46 - idem
47 - Grupo C (Leishmania chagasi)
48 -
49 -

Lab Biomol

Então, estamos todos querendo entender o que fizemos estas duas semanas e fazer nossos relatórios. Vamos compartilhar nossas informações. Sugiro que usemos o blog para dados e o e-mail para fotos (aliás, alguém sabe onde estão o resto das fotos? (do Northern?)).

Postem os dados do seus grupos, os admins do blog podem ir complementando os posts conforme forem aparecendo os comentários

Vou começar colocando o que entendi dos experimentos, para termos uma visão mais global do que fizemos. Por favor comentem e complementem, tudo que estiver escrito aqui está sujeito a equívocos:

Objetivo geral: Verificar a existência e caracterizar o gene de fosfatidilserina sintetase II (de fosfatidiletanolamina) em Crithidia fasciculata (procurá-lo, sequenciá-lo, ver sua expressão) e compará-lo aos gene correspondente de Leishmania amazonensis e de outros tripanossomatídeos.

Experimento I: Extração de DNA.
Objetivo: Aprender a extrair DNA.
Procedimento: Extração de DNA de Crithidia fasciculata e quantificação. Esta extração foi utilizada no Southern blot do grupo C.
Protocolos: 1

Experimento II: Extração de RNA e Northern Blot.
Objetivo: Procurar por bandas de RNA em Crithidia fasciculata que hibridem, sejam semelhantes ao RNA de fosfatidilserina sintetase II de Leishmania amazonensis (conhecidos).
Procedimento: Extração de RNA de Crithidia fasciculata, quantificação e northern blot.
Protocolos: 2A, 2B.

Experimento III parte 1: Identificação de sequências candidatas em tripanossomatídeos para posterior sequenciamento.
Objetivos: Obter fragmentos de DNA de tripanossomatídeos semelhantes aos de Leishmania spp, usando como primers fragmentos de seqüências de fosfadidilserina sintetase II de Leishmania major conservadas evolutivamente.
Procedimento: Extração de DNA de tripanossomatídeos por centrifugação (feito pelos monitores), PCR do DNA de tripanossomatídios (2 por grupo) usando primers de Leishmania major em várias temperaturas, eletroforese do resultado de PCR, nova eletroforese com as bandas mais fortes (indicando melhor temperatura), recorte do gel das bandas encontradas, purificação do DNA de cada banda.
Protocolos: 4A, 4B, 4C (o segundo protocolo número 3).

Experimento III parte 2: Transformação de bactérias E. coli usando plasmídios pGEM-T easy (que contém genes de Beta-galactosidase e de resistência a ampicilina).
Objetivos: Implantar as seqüências selecionadas em E. Coli para que se obtenha uma grande quantidade delas.
Procedimento: Reação de ligação entre plasmídio e DNA inserto (selecionado das bandas) na proporção 1:3. Preparação das bactérias competentes(E. Coli) lavando-as com água fria para tirar os sais. Choque elétrico para desestabilizar a membrana (para a membrana ficar mais flexível e abrir mais poros virtuais). Implantação dos plasmídios nas bactérias (transformação), esperar 1h para estabilização e expressão do gene de resistência, implantação das E. coli nas placas de Petri com ampicilina, x-galactose e IPTG (induz expressão do gene de beta-galactosidase).
Protocolos: 3A, 3B, 3C, 3D.

Experimento III parte 3: Extração dos Plasmídios e Eletroforese.
Objetivos: Extrair os plasmídios das bactérias transformadas para o sequenciamento.
Procedimento: extração do DNA das bactérias brancas (com o gene de beta-galactosidase interrompido), tempo para crescer, isolamento do DNA plasmídico (ele se reassocia mais rápido que o DNA genômico). Tratamento de uma parte dos plasmídios com EcoRI (separação do inserto e plasmídios), eletroforese.
Protocolos: 5, 6A, 6B.

Experimento III parte 4: Sequenciamento do DNA do inserto.
Objetivos: Sequenciar o DNA do plasmídio e procurar sua seqüência no no BLAST (para verificar qual gene isolamos).
Procedimento: PCR assimétrico (isto é, com apenas um primer) com deoxinucleotídios (nts normais) e dideoxinucleotídios (nts modificados), sequenciador e procura de sequências semelhantes no BLAST.
Protocolos: 7.

Experimento IV: Southern Blot do DNa genômico de vários tripanossomatídeos.
Objetivos: Verificar a existência possíveis seqüências semelhantes ao gene de fosfatidilserina sintetase II de Leishmania amazonensis no DNA genômico de vários tripanossomatídeos.
Procedimento: (Extração do DNA genômico? Lise com TES?), Preparação de soluções com HindIII, PstI e ambos, marcação da sonda com fósforo 32 usando ATP modificado no fosfato alfa, eletroforese, tranferência para a membrana (hibridação) e lavagem da membrana.
Protocolos: 6A, 6B, 6C e 8.

Experimento V: Cinética enzimática
Objetivos: Verificar a atividade de fosfatidilserina sintetase I e II em Crithidia fasciculata.
Procedimento: Lise de células de Crithidia fasciculata usando sonicador, mistura em solução com serina marcada com trítio, adição de diferentes precursores (um fosfolipídio por grupo e um controle), interrupção da atividade de fosfatidilserina sintetase II, após 0h, 4h, 8h, 24h. Separação e descarte da fase polar (contendo a serina livre). Medição no cintilador da quantidade de radiação. Plotagem da quantidade de fosfatidilserina produzida presumida pela quantidade de radiação em cada tempo.
Protocolos: "9" (Ensaio de atividade de fosfafidilserina sintetase)

Relatório

Hoje, dia 7/9, nosso primeiro dia de folga da semana santa, foi combinado de irmos fazer o relatório do lab de biomol no CM...

Não sei se alguém apareceu. Eu sei que quando liguei, só o boo estava presente...

Infelizmente (da minha parte principalmente, pois... "Robin, me dê sua localização...") não poderei comparecer hoje.

Não consigo ligar pro CM de novo pra avisar o boo... espero que leia isto =)

É isso... pode ficar pra sexta então? =\

Laboratório

A prova amanhã as 9 vai ser na sala de seminários..

Notícias e links

The Inner Life of the Cell
Harvard contratou uma empresa (xvivo) para criar uma animação cientificamente razoável dos processos moleculares da célula, a animação já ganhou um prêmio e tem uma versão de 3 minutos (a original tem 8 min.) disponível online.
Altamente recomendado!

Multiple copies of a mystery gene may make us human
Uma proteína encontrada no cérebro pode ter uma função importante naquilo que nos distingue dos outros primatas.

Gene-therapy results touted in 2 advanced-cancer cases
Dois pacientes terminais tiveram seus tumores eliminados (e sobreviveram) após passar por um tratamento usando células T modificadas geneticamente para identicarem o tumor.

Not as wiki as it used to be
A Wikipedia alemã (conhecida por seus artigos de qualidade) testará um novo sistema no qual os artigos terão uma versão aprovada visível a todos, e uma versão em desenvolvimento na qual as edições recentes são feitas.

The Biology of B-Movie Monsters
Considerações biológicas e físicas sobre os seres desproporcionais do cinema.

The Illuminatus! Trilogy
Acho que quem gostou do guia dos mochileiros deve apreciar este também, foi featured article da semana passada.